Predmet dejavnosti kustodiata za vretenčarje so vse skupine vretenčarjev, obsegajo pa njihovo zbiranje, hranjenje in preučevanje, posredovanje informacije javnosti in predstavljanje rezultatov dela v obliki objav in muzejskih razstav. Študijske zbirke so namenjene znanstvenemu preučevanju, so dokazni material, ki omogoča preverjanje rezultatov raziskav, so pa tudi nenadomestljiv referenčni vir. Študijske zbirke Kustodiata za vretenčarje so najpopolnejši materialni vir informacij o vretenčarjih slovenskega ozemlja. Razstavne zbirke so namenjene širši javnosti: izobraževanju in ozaveščanju obiskovalcev o dediščini naravnega izvora. V okviru kustodiata deluje tudi Slovenski center za obročkanje ptičev.
Ribe
Ribe so razvojno najstarejša in vrstno daleč najbogatejša skupina vretenčarjev. Danes je skupno znanih več kot 24.000 ribjih vrst.
Dvoživke
V Sloveniji živi 19 domorodnih (avtohtonih) vrst dvoživk. Razvile so se v devonu (paleozoik) iz rib in so prvi vretenčarji, ki so se prilagodili življenju na kopnem. Fosil izumrle dvoživke iz triasa so našli tudi v Sloveniji.
Plazilci
V Sloveniji živi 22 avtohtonih vrst plazilcev in 1 neavtohtona vrsta (želva vrste Trachemys scripta, kamor spadata rdečevratka in rumenovratka). V slovenskem morju lahko vidimo tudi glavato kareto (Caretta caretta), ki pa se pri nas ne razmnožuje.
Ptiči
Divji petelin je naša in evropska največja divja kura. Samec je na splošno črn, z izrazito živo rdečo kožno tvorbo (»rožo«) nad očmi.
Sesalci
Sesalci (Mammalia) so visoko razvit in nadvse uspešen razred vretenčarjev. Razvili so se iz izumrlih plazilcev iz skupine zverozobcev (Therapsida).