Zbirka ptic, rib, plazilcev in okostja različnih vretenčarjev

Zbirka ptičev je urejena deloma glede na sistematsko pripadnost razstavljenih primerkov, deloma glede na njihovo bivališče. V prvi vitrini so razstavljene race, gosi in labodi. To so vodni ptiči, ki sodijo med plojkokljune. V osrednjem delu so obvodne ptice, ki živijo ob rekah, sledijo manjše vrste, ki jih pogosto opazimo v grmovju, ob robu gozda, na gmajnah, pa ptiči, ki hrano iščejo na drevesnih deblih, sledijo jim ujede in sove, pa vrani in manjše gozdne ptice. Na skrajnem levem delu osrednjega dela zbirke ptičev so predstavljene vrste, ki živijo v skalnih stenah, pogosto visoko v gorah.
V nadaljevanju si lahko ogledamo ptiče, ki živijo večinoma v kulturni krajini.

V zbirki plazilcev so na ogled kače, kuščarji, krokodili in želve. Predstavljene so vse vrste kač, ki živijo v Sloveniji. Večina razstavljenih primerkov tropskih plazilcev, med katerimi so krokodili, varani, nekatere kače in želve, so bili prvotno v lasti Misijonarskega muzeja, ki je v 19. stoletju deloval v Ljubljani. Ob njegovi ukinitvi so posamezne primerke darovali Prirodoslovnemu muzeju Slovenije. Nekatere primerke so muzeju darovali tudi ljubiteljski gojitelji, ko so njihovi hišni ljubljenčku poginili.

V več kot sto let stari zbirki sladkovodnih rib je predstavljenih 39 dermoplastičnih preparatov, razstavljeni so nekateri primerki, ki jih danes v slovenskih vodah ni več. Takšen je na primer predstavnik jesetrovk, kašikar, Acipenser gueldenstaedtii. Muzejski primerek, ki je bil ujet leta 1883 v Savi pri Ljubljani, je dolg več kot meter. Tu je shranjena tudi več kot sto let stara soška postrv, ena redkih izvornih predstavnic te avtohtone vrste. Zbirka ima zato veliko zgodovinsko in znanstveno vrednost. Priča pa tudi o nenavadnem in izvirnem načinu prepariranja: iz ribe so skozi gobec odstranili meso, nato pa kožo napolnili z vročim peskom. Primerno so jo oblikovali in pustili, da je zaradi vročega peska otrdela. Nato so pesek skozi gobec vsuli ven, ribo pobarvali, namestili na primeren podstavek – in razstavili. Razstavljeni primerki so sčasoma izgubili svojo prvotno barvo. Večina jih pripada družini krapovcev (Cyprinidae) in lososov (Salmonidae). V letu 2009 popolnoma prenovljenih »morskih vitrinah« je med prebivalci našega morja trenutno predstavljenih tudi 19 dermoplastičnih preparatov in odlitkov morskih rib.

V zbirki okostij vretenčarjev si obiskovalci lahko ogledajo okostja ptičev in sesalcev, od majhnega žužkojedega ježa, do kitovega rebra in vretenca. Med njimi je tudi pravo človeško okostje.