Eden najpomembnejših predmetov Prirodoslovnega muzeja Slovenije je herbarij Janeza Krstnika Flysserja iz Ljutomera. Muzealija je bila izdelana po naročilu Janeza Gabrijela Gallermayerja v letu 1696. Čeprav o avtorju in naročniku ni veliko znanega, pa herbarij priča o vplivu renesanse na slovenskem ozemlju, ko se je začelo ponovno zanimanje človeka za naravo.
Izraz herbarij se je prvotno nanašal na knjige o zdravilnih rastlinah. Šele okoli leta 1700 je francoski botanik Joseph Pitton de Tournefort (1656–1708) s tem terminom označil zbirko posušenih rastlin, kar je za njim povzel tudi Karel Linné. Pod njegovim vplivom je beseda prešla v splošno rabo in nadomestila druge izraze za zbirke posušenih rastlin, kot je hortus siccus (»posušeni vrt«). Prve zbirke, ki jih danes pojmujemo kot herbarije so nastale v 16. stoletju. Njihov nastanek je povezan predvsem z razvojem tehnike izdelave papirja, ki je omogočil nakup papirja po nizki ceni. Italijanski profesor botanike na Univerzi v Bologni Luca Ghini (1490?–1556) naj bi bil prvi, ki je rastline sušil pod pritiskom in jih pritrdil na papir vezan v knjigo. Njegov herbarij se sicer ni ohranil, pač pa so tehniko začeli uporabljati tudi njegovi učenci, ki so jo razširili po Evropi. V času Karla Linnéja (1707–1788) je bila tehnika izdelave herbarijske knjige že dobro poznana. Linne je spoznal, da je rastline lažje razvrščati, če listi niso vezani v knjigo, pač pa ločeni. Nastale so prve zbirke sestavljene iz ločenih herbarijskih pol. Herbarijske knjige pa niso izdelovali samo botaniki, ampak tudi premožni ljudje, ki so zbirali predvsem eksotične rastline za svoje naravoslovne kabinete.
Tudi Flysserjev herbarij je velika knjiga z lesenimi, v usnje vezanimi platnicami. Vsebuje 204 strani, na katerih je predstavljenih 993 rastlin, najverjetneje nabranih na območju nekdanje Beneške republike, nekaj pa je tudi okrasnih in gojenih vrst. Rastline so poimenovane z latinskimi imeni, ponekod pa je dodano tudi nemško ime. Herbarij je bil v lasti bratov Zois in kot del njune zapuščine je s knjigami najprej prišel v licejsko knjižnico in od tam leta 1838 v takratni Deželni muzej. Karel Zois je zanj napisal seznam, ki se je prav tako ohranil v Prirodoslovnem muzeju Slovenije. Flysserjev herbarij je najstarejši herbarij na Slovenskem in muzej se z njim postavlja ob bok drugim svetovnim ustanovam, ki hranijo najstarejše herbarije.
